28歳で高松藩の蔵番を辞め、江戸へ出て勝負する

源内が長崎で何をしたのかは残念ながら史料不足で不明ですが、中国や朝鮮から渡来した薬草・薬物そしてオランダの珍物などを、感激を持って見たと推測されます。長崎から帰った源内は、驚くべき行動に出ます。宝暦4年（1754）7月、「近年病身」を理由にして、藩に蔵番退役願を提出したのです。そればかりか、家督を妹婿に譲ってしまいます。

源内は自由の身となった訳ですが、長崎遊学を経て強まった学問への熱情がそうさせたのでしょう。宝暦5年（1755）、源内は量程器（歩いた距離を測る器具）や磁針器（方角を測る器具。オランダ人製作の同器具を模倣したもの）を製作しています。

源内に長崎遊学に次ぐ転機がやってきます。それは宝暦6年（1756）3月のこと。源内は故郷を離れ、江戸に旅立つことになるのです。郷里を離れる源内は「井の中をはなれ兼かねたる蛙かわずかな」と一句詠んでいますが、郷里を「井の中」として広く羽ばたきたい気持ちと、そこを離れ難い逡巡の想いを感じることができます。

平賀国倫（源内）編・著『物類品隲』 1巻、1763年
平賀国倫（源内）編・著『物類品隲』 1巻、1763年（出典＝国立国会図書館デジタルコレクション）

当時のインテリの証拠である漢文の知識は足りなかった

江戸に入った源内は、本草家の田村元雄や林家の塾に学びます。林家の塾に学んだのは儒学（漢学）を学ぶことを本旨としたのではなく、漢文で書かれた本草学に関連する古典を読解せんがためでした。源内の「漢文力」はさほどなかったとする見解もありますし「学術は無き人也」（江戸中期の儒学者・柴野栗山）との酷い源内評も存在します。

源内は宝暦7年（1757）、日本最初の薬品会（薬種・物産を展示する会）を発案しました。その後も源内は江戸で何度も物産会を開催しています。こうした企画は源内の得意とするところだったのでしょう。物産会の開催などで新進の本草学者として源内の名が知られるようになると、高松藩は「医術修行」という名目で「三人扶持」を彼に与え召し抱えてしまいます（1759年）。源内はこれを仕官とは考えていませんでしたが、藩は源内を家臣として扱う。

こうした齟齬そごにより、源内は宝暦11年（1761）、ついに辞職願を出すのです。「浪人」にて藩主のお役に立ちたいと言うのでした。源内は藩主のお気に入りでもあったようですので、そのまま仕官していたらそれなりに藩内で出世していたかもしれません。「物産やら医書やら取乱し」て、さまざまな学問を吸収しようとしていた源内にとって、藩の拘束は鬱陶しいものだったのでしょう。