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大坂にいたのに光秀を討てなかった
しかし、先述の清須会議で、信長、信忠、そして明智光秀の旧領を分割した際、長秀が得たものは秀吉にくらべてかなり見劣りした。4人の宿老のうち秀吉は山城（京都府南部）、丹波（京都府中部と兵庫県東部）、河内（大阪府東部および南東部）の東部を得たのに対し、長秀が得たのは近江の高島郡と志賀郡だけだった。
ちなみに柴田勝家は近江の長浜周辺、池田恒興は摂津（大阪府北部および中部と兵庫県南東部）の大坂周辺だった。勝家は光秀討伐に参加できていないので、やむをえないとして、長秀は秀吉とともに光秀を討伐している。それなのに、なぜ差が開いたのか。
本能寺の変の翌日、長秀は四国征伐に出る予定だった。総大将は信長の三男の信孝で、長秀は副将。実戦経験が少ない信孝の補佐役として、信長は長秀を指名したのだろう。1万4000人ほどの本隊は、摂津の住吉（大阪市住吉区）周辺に控えていた。だから普通に考えれば、長秀が光秀を討つためにもっとも有利な位置にいた。
ところが、そうならなかった理由としては、まず、四国討伐の軍勢が長秀直下ではなかったことが挙げられる。信長の命による事実上の寄せ集めだったので、長秀の指揮で自在に動く軍勢ではない。そのうえ本能寺の変が勃発したとき、長秀は信孝とともに、やはり副将を務める蜂屋頼隆の岸和田城（大阪府岸和田市）にいたので、大将不在の軍は次々と離散してしまった。
しかもその後は、やはり四国征伐の軍に加わっていた信長の甥の信澄が、義父である光秀と共謀した、という虚報（と思われる）に惑わされ、信孝とともに信澄を討ち果たしたのだが、どう考えても時間の無駄だった。備中高松城（岡山市北区）の攻城戦をまとめ上げ、確固たる指揮系統を維持したまま引き返してきた秀吉とでは、雲泥の差になってしまった。
石高は123万石になったが
結局、長秀は（信孝もだが）、山崎合戦には参戦したが、あくまでも秀吉の光秀討伐作戦に参加したにすぎなかった。参戦できなかった勝家らよりはマシだったとはいえ、秀吉が光秀討伐の功労者となった現場の目撃者であっただけに、以後、秀吉の前で大きな態度はとれなかったのではないか。
そこで、秀吉が天下人になるなら、その下で丹羽家のよりよいポジションを確立したほうがよい、と考えるようになったのだろう。
一方、秀吉にもまだ長秀に遠慮があった。このため清須会議後、長秀の三男で4歳だった千丸をもらい受け、嫡男を亡くしていた弟の秀長の養子にした。長秀にもまた、秀吉と縁戚関係を結んで、丹羽家の位置づけをたしかなものにする狙いがあったと思われる。
その後の長秀は、柴田勝家が敗れたのち、遺領の越前（福井県東部）および加賀（石川県南部）の2郡を得て、石高は計123万石ほどになったとされる。そして、勝家の居城だった北ノ庄城を本拠とした。ところが、翌年の小牧・長久手合戦には参戦したものの、天正13年（1585）4月、内臓疾患によって病没してしまう（自害したという説もある）。
