一方、自治体での火葬は、遺体を一般廃棄物の焼却炉で焼却後、一緒に埋めて処分する自治体から、専用の動物炉や斎場で、個別または合同で焼却する自治体まで、方法はさまざまだ。例えば東京都練馬区の場合は、区の清掃事務所に申し込むと、自宅まで引き取りにきてくれ（引き取り費用2600円、25キロまで）、動物炉で合同火葬し、遺骨は提携している霊園の合同霊園に埋葬している。
2010年4月に、ペットの遺体を火葬し、遺骨を届けると言いながら、埼玉県の山中に100頭もの犬や猫の遺体を遺棄していたペット葬儀業者が逮捕されるという事件が起きた。
また、訪問火葬を行う移動火葬業者のトラブルも多発している。前出の和田氏は、「悪質な業者に引っかからないためには、全国ペット葬祭業協会や、日本ペット訪問火葬協会などの団体に入っているかなどもチェックを」と、注意を促す。
最後に、遺骨の安置方法だが、自宅につくった祭壇に安置する、またはペット霊園や寺院にお墓を購入して埋葬する方法、納骨堂に安置する方法などがある。さらに、ペットが気に入っていた場所や、海や山などに遺骨をまく、散骨を選ぶ人も。
現在は、ペット霊園も増え始め、寺院の敷地内に併設される所も多くなっているが、あくまでも人間のお墓とは別の区画。都市部では、ペットの墓地を新たにつくるのが難しく、納骨棚や納骨堂に遺骨を納める霊園が多くなってきた。例えば、東京・江戸川区の城東動物霊園では、個別納骨の場合、本館納骨堂で、個別霊座2から5段目で1年間、2万円。契約期間経過後も希望すれば更新できるが、更新をしない場合は、無料で合同納骨祭祀供養に移行される。