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立法論として不当
小規模事業者の救済という上述の趣旨からすれば、大手商社をも凌ぐ市場支配力を持つJA全農などの連合会まで適用除外としているのは、立法論としては著しく不当である。
しかし、独占禁止法の適用外となっている協同組合であっても、ほかの事業者と共同して特定の事業者との取引を拒絶したり、共同行為からある事業者を不当に排除したりするような「不公正な取引方法を用いる場合」又は「（一定の取引分野における競争を実質的に制限することにより）不当に対価を引き上げることとなる場合」は、独占禁止法の規定が適用される。
“不公正な取引方法”のうち、共同の取引拒絶、差別対価、排他条件付き取引などの行為は、“市場における有力な事業者”（目安として市場シェアが10％以上または上位3位以内）が行う場合に違反となるが、「JAは生産資材の供給や農産物の出荷、共同利用施設の賃貸等といった分野において、ほとんどのケースで有力な事業者に該当します。」（JA全中等「独占禁止法の遵守に向けて」）つまり、JA農協自身が“市場における有力な事業者”であり、単なる小さな事業者の集まりではないことを認めているのだ。
「50％以上の引き上げは独禁法違反」の解釈も
JA農協による独占禁止法違反（とりわけ“不公正な取引方法”に該当）が後を絶たないことから、公正取引委員会は2007年「農業協同組合の活動に関する独占禁止法の指針（ガイドライン）」を公表した。
これを検討するため公正取引委員会が開催した研究会（“政府規制等と競争政策に関する研究会”2006年11月24日）で、同委員会事務局の経済取引局長は、協同組合が100円のモノの価格を110円程度に引き上げる場合には独占禁止法違反を問われないが、150円にすれば、「不当に対価を引上げる」こととみなされて独占禁止法違反となる旨述べている。10％程度なら良いが、50％も引き上げることは違反だという解釈である。
