明治初期の開発は繰り返し頓挫、1880年代にようやく本格化
石炭需要が増加傾向にあった幕末においても、先行して発展する高島炭鉱や三池炭鉱の後塵を拝していた端島は、明治時代に入り、炭鉱としての可能性が注目されるようになる。
まず端島開発に乗り出したのは江戸時代、佐賀藩の家臣であった深堀鍋島家。深堀鍋島家はかって長崎警護を担っており、この地域と関わりが深かった。同家は明治時代に入ってから何度か開発を試みたが長続きせず、廃業の憂き目に遭う。1874（明治7）年には洋式採炭が同家によって行われるが、台風により多大な被害を受けて失敗に終わった。
明治23年に三菱の岩崎弥之助社長が島を20億円で買収
その後、高島炭鉱の開発に関わり、ノウハウを持っていた天草出身で当時大地主だった小山秀が1875（明治8）年に端島の山を崩して埋め立て、波対策として堤防を構築する。さらに機械設備も整えて、いよいよ本格的な採炭が始まるかと思われた。
しかし、またしても台風が襲来。設備等を破壊され、頓挫してしまう。明治初期の軍艦島開発は、台風の猛威により繰り返しゆく手を阻まれていた。
開発に進展が見られたのは1886（明治19）年のこと。深堀鍋島家が再度事業化に動き、端島で初となる深さ44mの第一竪坑が開削される。同時に蒸気機関を用いた機械設備や、貯炭場といった施設も設けられた。これにより小規模ながら端島での採炭事業がスタートしたのである。
1890（明治23）年には、大きな転機がやってきた。実業家・岩崎弥太郎が創業した三菱二代目社長岩崎弥之助（弥太郎の弟）が、10万円（現在の価値で約20億円）で端島を買収したのだ。この頃の日本は、鉄道や船舶など、蒸気機関の燃料として、石炭の需要が高まってゆく時期だった。三菱は、高島など長崎の外海側にある島の権利を次々と取得していった。