総務課、プロ課、防衛部…

ナチュラルの内部には、約150人が所属する「本社」機能がある。一般企業同様、業務に応じてさまざまな部署が存在する。

例えば「総務課」は外部関連業務の全般、店舗からのスカウトバック（紹介料）の確認、集金、給料などの対応を行う。「プロ課」は警察への対策を専門に担う部署で、情報収集、組織防衛の方針策定、新人の研修や管理を受け持つ。名称自体が警察を「プロ」と呼ぶナチュラル独特の隠語に由来する。

「防衛部」は、捜査情報の収集や警察内部に協力者を仕立てる極秘工作を行っている。さらに「契約課」（新規契約店舗との交渉）、「アプリ課」（独自開発した闇アプリの運営）、「集金課」（全国数百店舗からの現金集金）、「サポート課」（各種トラブル対応）がある。