強い決意を持って、人身売買の問題に取り組む
天正十四年（一五八六）から翌年にかけて九州征伐が行われ、秀吉は島津氏に圧勝した。戦場となった豊後では百姓らが捕縛され、九州各地の大名の領国へ連れ去られた。この点も取り上げたとおりである。
そして、捕縛された人々は労働に使役させられるか、奴隷として売買された。秀吉は人の移動によって耕作地が荒れ果て、戦後復興が困難になることを危惧し、諸大名に対して人の連れ去りや売買を禁止した。そこでは、奴隷商人が関与していたのは疑いなく、日本人の奴隷商人だけでなく、ポルトガル商人の姿もあった。
天正十五年（一五八七）四月、島津氏を降参に追い込んだ秀吉は、意気揚々と博多に凱旋した。そこで、ついに問題が発生する。
秀吉が目の当たりにしたのは、日本人奴隷が次々とポルトガルの商船に乗せられ、運搬される風景だった。そのような事態を受けて、秀吉は強い決意を持って、人身売買の問題に取り組んだ。
イエズス会と秀吉の口論
天正十五年（一五八七）六月、秀吉は日本人奴隷の扱いをめぐって、コエリョ（イエズス会日本支部副管区長）と口論になった（『イエズス会日本報告集』）。次に、お互いの主張を挙げておこう。
まず、秀吉がコエリョに問うたのは、「なぜポルトガル人が多数の日本人を買い、本国に連行するのか」ということだった。
秀吉の問いに対してコエリョは、最大の理由として「日本人が売るから、ポルトガル人が買うのだ」と答えた。そして、「パードレ（司祭職にある者）たちは日本人が売買されることを大いに悲しみ、これを防止するために尽力したが、力が及ばなかった」と述べた。さらに、「もし秀吉が日本人の売買の禁止を望むならば、諸大名らに命じるべきだ」とし、「秀吉の命に背く者を重刑に処すならば、容易に人身売買を停止することができる」と助言めいた発言をしたのである。
コエリョは日本人奴隷の売買については、日本人が売るから悪いとし、どうしても止めたいのならば、秀吉が禁止すればよいと突き放した。
つまり、宣教師たちでは人身売買が解決できない問題であること、そして無関係であることを主張したのである。コエリョが実際にどう思ったのかはわからないが、答えは苦し紛れのものであった。
とはいえ、イエズス会の事情がどうであれ、秀吉は日本人が奴隷として海外に連れ去られることを決して許さなかった。逆に、イエズス会にとって奴隷売買を黙認することは、キリスト教を伝道するうえで大きなマイナスとなった。秀吉の詰問によって、イエズス会は苦境に立たされたのである。