信長と足利義昭の対立が深まると、信長にシフトした幽斎
しかし、織田信長が義昭を奉じて上洛し、やがて両者が対立しはじめると、藤孝（幽斎）は徐々に義昭から距離を置くようになった。信長と藤孝は同い年（午年）で誕生日も近かった（藤孝が4月22日、信長は諸説あるが5月11日）からか、馬が合ったらしい。藤孝は筆マメで、京都の情勢を信長に報告して信頼を得ていた。
元亀4年（1573）2月、信長が天下を我が物顔で取り仕切るようになったことが許せず、義昭は打倒信長を掲げて挙兵。今回、見つかった古文書はその前年の8月15日のものと考えられている（当時の古文書は月日のみで、年を書かないものが多く、この古文書にも年表記がないが、信長の花押［サイン］の形状から1572年のものと推定された）。
古文書では、他の幕臣が信長と距離を置きはじめた中、藤孝一人が贈答品の太刀と馬を贈ってくれたことを「あなたからは、初春にも太刀と馬をお贈りいただきました。例年どおりお付き合いくださり、この上なくめでたいことです」と感謝するとともに、近畿の領主たちを味方に引き入れるように要請している。「藤孝にすがろうとする様子は従来からの“信長像”に再考を迫る内容だ。信長の性格に関する研究が深まることを期待したい」と熊本大学永青文庫研究センター・稲葉継陽センター長は語る（NHK）。
【参考記事】NHK首都圏ナビ「織田信長の新資料 “敵に降伏促す文書” “室町幕府中枢への書状” 読み取れることは？」
信長が政権を握ると取り立てられ､姓や家紋まで変える
果たして、信長が義昭を京都から追放すると、藤孝はその功によって山城国長岡（京都府長岡京市）の地をあてがわれ、細川姓を捨てて長岡姓を名乗り、家紋も足利家と縁のない九曜紋に替えて、足利一門であったことを隠滅した。
ではなぜ藤孝は九曜紋を使うようになったのか。ある日、藤孝は九曜紋を付けた衣装で登城し、信長から「変わった紋様をつけておるな」と声を掛けられる。すると、藤孝は黙って信長の脇差しを指さした。その鍔に九曜紋が彫ってあったのだ。信長は藤孝の観察力とユーモアに感じ入ったという。
藤孝は古今伝授の伝承者として知られる当代一流の歌人だった。かつ、能楽に堪能。包丁さばきに優れた腕を披露した。ここまで書くと、青白いインテリっぽいが、その実、大男で武芸に秀で、怪力の持ち主だったという。剣術を塚原卜伝、弓術を波々伯部貞弘に学び、弓馬故実を武田信豊から相伝された、今でいう資格マニアである。
