衛生局長の座を追われるが…

ここまで順調に見えるが、局長就任の翌年に転落する。明治26年（1893年）11月、旧相馬藩主家をめぐる相馬事件に連座して入獄。無罪判決が出たのは翌年5月で、そのときには衛生局長の職を失っていた。

復帰の場は感染症対策だった。明治28年（1895年）4月、臨時陸軍検疫部事務官長に任じられる。日清戦争の戦場から帰ってくる兵をコレラごと国内に入れないための検疫である。広島・下関・大阪の3カ所に検疫所を突貫で建て、23万2346人の帰還者から369人のコレラ患者を見つけた（同記念館「後藤新平絵物語」）。この事業で評価を取り戻し、後藤は同年9月、再び衛生局長に就く。